京疫情疑源於冷鏈食品污染
【本報訊】據《新京報》二十七日消息：清華大學、北京市疾病預防控制中心、中國醫學科學院病原生物學研究所、北京大學、中國科學院北京基因組研究所的研究人員在《國家科學評論》上在線發表題為“北京新冠肺炎疫情再現可能源於冷鏈食品污染”的研究論文，揭示該疫情可能源於冷鏈食品污染，提出冷鏈運輸可能是新冠病毒傳播的新途徑。
單一性境外輸入
六月十一日，一例新冠病毒感染患者突現，打破了北京連續五十六天無新增病例的平靜。該患者馬上就被收治，病情也很快得到控制，但他從何處感染了病毒，卻成了一個謎。
針對指示病例的流行病學調查和大數據分析，通過對其所到地區和接觸人員的排查，發現兩份來自北京新發地市場的環境樣本呈現新冠病毒核酸陽性。隨後對該市場五百三十八名員工擴大病毒核酸篩查，又發現四十五人為陽性。六月十五日，北京市啟動了全市核酸篩查，共發現三百六十八人新冠病毒核酸陽性。這些感染者均與新發地市場有直接或者間接關聯：其中一百六十九人是新發地市場的工作人員，一百○三人於五月三十日至六月十二日期間去過新發地市場，其餘九十六人均為上述人員的接觸者。未發現獨立於該市場的早期傳播鏈或獨立傳播鏈，提示新發地市場是此次疫情發生的單一源頭。
結合新發地市場流行病學調查，研究人員初步確定綜合交易大廳地下一層（牛羊肉大廳）水產區S14號攤位可能是感染的源頭：S14號攤位的七位工作人員均為新冠確診病例，且症狀出現時間相對較早。根據流行病學模型推斷的疫情開始時間範圍內，共有五位顧客新冠抗體檢測陽性，且這五位顧客都到訪過S14號攤位。這五位顧客及其密切接觸者在過去十四天內都未到訪過中高風險區域或接觸來自中高風險區域的人員，進一步提示疫情是由新發地市場向外傳播。
研究團隊進一步利用自主開發的低病毒載量樣品處理方法，對一百一十個病例和環境樣本進行了高通量核酸測序，共獲得了七十二條高質量的新冠病毒基因組序列。分析發現，這些序列均具有八個特徵性突變位點，這些位點在我國此前的本土和輸入病例中從未發現過。與新冠病毒基因序列數據庫比對，發現除C6026T之外，具有其他七個突變位點的病毒主要存在於歐洲。這些結果進一步提示新發地疫情的病毒應為單一性的新發境外輸入。
三文魚檢出新冠
綜合上述結果，同時確認S14號攤位的工作人員未接觸過疑似或確診新冠病毒感染者，且五月至六月初期北京也無報告新增感染病例，提示病毒極可能來源於境外輸入。進一步調查顯示，S14號攤位售賣的物品中冰鮮三文魚是唯一來自境外的商品，且攤主曾於五月三十日從某供應商處採買過從存在新冠病毒疫情國家進口、包裝完整的三文魚，在市場內切割處理後零售。為此，對新發地市場內所有三文魚供應商的冷庫採樣檢測，發現某供應商有五份魚體拭子樣本呈新冠病毒核酸陽性，其中一份未開封魚體拭子樣本中測序獲得的病毒基因組序列與本次疫情中人和環境樣本中的病毒高度同源。
因未能從魚體上分離獲得活病毒，因此尚無法證明魚體上的病毒活力。但是將高質量病毒基因組序列特徵分析與流行病學調查結合，提示來自境外疫情高發區的冷鏈進口食品極有可能為本次新發地疫情病毒源頭。在本文發表過程中，中國疾控中心報告從青島獲取的冷鏈食品中分離出新冠病毒，進一步提示冷鏈食品可能是新冠病毒傳播的重要途徑。本研究對於揭示北京新發地疫情的病毒來源提供了重要證據，為優化疫情常態化防控策略提供了重要依據。